Trung tâm quốc gia giống thủy sản nước ngọt miền Bắc tiền thân là Trại cá tỉnh Hải Dương, được thành lập với mục đích sản xuất giống một số đối tượng thủy sản nước ngọt truyền thống phục vụ nhu cầu của người nuôi trong và ngoài tỉnh. Tuy nhiên, cùng với xu thế phát triển của xã hội, việc sử dụng các sản phẩm thủy sản ngày càng tăng dẫn đến nhu cầu con giống  có chất lượng, các tiến bộ khoa học kỹ thuật phục vụ người nuôi…cũng tăng theo. Chính vì những lý do đó,  năm 2001 Chính phủ đã quyết định xây dựng và nâng cấp lên  thành Trung tâm Quốc gia giống thủy sản nước ngọt miền Bắc, trực thuộc Viện nghiên cứu nuôi trồng thủy sản I theo Quyết định số 715/QĐ-BTS ngày 31/8/2001 của Bộ trưởng Bộ Thủy sản (nay là Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn).

         Sau hơn 10 năm hoạt động và phát triển Trung tâm đã đạt được nhiều thành công và hiện nay đã trở thành một trong những Trung tâm đi đầu trong nghiên cứu, bảo tồn và lưu giữ các nguồn gen thủy sản nước ngọt, chuyển giao công nghệ sản xuất giống, công nghệ nuôi thương phẩm và các loại giống thủy đặc sản nước ngọt chất lượng cao cho các tỉnh miền Bắc cũng như trong phạm vi cả nước. Bên cạnh đó Trung tâm cũng là nơi duy nhất tại Miền bắc đủ khả năng để cung cấp đàn cá bố mẹ các loại có chất lượng cao cho các trại giống của các địa phương trong cả nước để phục vụ sản xuất.

       Hàng năm Trung tâm thường xuyên tiến hành các chương trình nghiên cứu, thực nghiệm về nâng cao chất lượng di truyền các loài thủy sản nước ngọt, các đối tượng nuôi chủ lực có năng suất cao để nâng cao tốc độ tăng trưởng, khả năng kháng bệnh và sức chống chịu với điều kiện môi trường không thuận lợi.